3. 在Dot Plot方框中，Plot Source应预设为Analysis，可点击 Select File 钮，并用随后之方框来开启预存之 Sample Files，它们的路径位于Mac HD：BD
Applications：CellQuest Folder：Sample Files。连续双击鼠标来打开次目录，找到档案后，点击 Open来开启 NORM001 档案。X 与 Y 参数项会出现默认值—FSC-H 256 与 SSC-H 256，在Color方框中点击Multicolor Gating，确认无误之后，点击 OK 便完成了一个 NORM001 的 FSC /SSC散点图。
4. 工具板中选择多角形区隔工具，将Cursor 移至FSC/SSC散点图上，并沿着淋巴球聚落周边画出范围，连点击两次可关闭该区域。你已完成 R1区域的界定，我们将以此区域来圈选淋巴细胞。(如果要删除R1区域，您可以在工具列中点选Gates → Region list，以鼠标点选 R1，再按Delete 键删除R1 区域。删除R1区域后，可用绘图工具板，重画R1。)
5. 从Plots菜单中选择Dot Plot可复制一个同样大小的散点图，屏幕上会出现一 Dot Plot 对话方框。点击X Parameter 钮来显示 NORM001 档案中所有的参数项 (FSC, SSC, FL1, FL2) 将 X 参数项改成「FL1-H 256 Gamma-1」，Y 参数项改成「FL2-H 256 Gamma-2」。从Gate输入栏中将 NoGate 改成G1= R1。
6. 点击 OK 便完成了一个以 G1 圈选的 FL1/ FL2 散点图，可将复制图移至原图右方。NORM001 档案为本组实验之阴性对照组，我们将以之来界定阴性与阳性之界限。
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7. 从屏幕左列工具板中，选取 Quadrant Marker 工具，然后在 FL1/ FL2 散点图中心处点击并拖曳至定点，一般而言是紧挨着阴性细胞聚落。
8. FL1/ FL2 二维散点图现在被区隔出四个象限，欲计算各象线中细胞的数据数据，从屏幕上方Stats菜单中选择Quadrant Stats。可以得到该图之四象限统计结果。UL：左上象限，UR：右上象限，LL：左下象限，LR：右下象限
9. 从屏幕上方File菜单中选择Print One，可以打印工作中实验文件。
10. 点选四象限统计表，从屏幕上方File菜单中选择Export Statistics可输出统计数值
至Excel档案。在出现方框中命名档案，并决定欲存放档案匣，点击Save。
打印报告、输出统计数值
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FACS101 Handbook
11. 如欲接着分析存在同一档案匣之系列档案，可用鼠标以拖曳方式选取所有图表 (文件中所有图谱的四角会出现黑色方块，表示被选择上) ，接着从Plots菜单选择Next Data File，软件会自动以新档案来替换现有档案，您只要确认圈选范围、与 Quadrant Marker 的位置是否恰当，即可打印报告、或输出统计数值。
4.3 开启其它List Mode Data
12. 对于存在不同档案匣之系列档案，可用鼠标以拖曳方式选取所有图表 (文件中所有
图谱的四角会出现黑色方块，表示被选择上) ，接着从Plots菜单选择Change Data Files，并在随后出现之对话方框，选择所在新目录与欲分析档案。点击OPEN。可调整圈选区域，Quadrant Marker阴阳界限，软件会重新计算、统计报告。
13. 常规使用之实验文件 (内含散点图、圈选区格、四象限分界、以及统计报告) ，我
们建议您将它另存新档 File – Save As，以备后需，分析其它档案便轻而易举。
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4.3直方图之统计分析（单色）
1. 从屏幕上方File 菜单中选择New。桌面会出现一‘Untitled‘ 实验文件，可点击实验文
件的右上角的放大钮，将实验文件窗口放大。
2. 从工具板中点击散点图图示。在实验文件的空白区点击，然后拖曳对角线至适当大
小。Plot 拖曳完成后可以在右方看到Dot Plot对话框。
3. 在Dot Plot方框中，Plot Source应预设为Analysis，可点击 Select File 钮，并用随后之方框来开启预存之 Sample Files，它们的路径位于Mac HD：BD
Applications：CellQuest Folder：Sample Files。连续双击鼠标来打开次目录，找到档案后，点击 Open来开启 NORM001 档案。X 与 Y 参数项会出现默认值—FSC-H 256 与 SSC-H 256，在Color方框中点击Multicolor Gating，确认无误之后，点击 OK 便完成了一个 NORM001 的 FSC /SSC散点图。
4. 工具板中选择多角形区隔工具，将Cursor 移至FSC/SSC散点图上，并沿
着淋巴球聚落周边画出范围，连点击两次可关闭该区域。你已完成 R1区域的界定，我们将以此区域来圈选淋巴细胞。(如果要删除R1区域，您可以在工具列中点选Gates → Region list，以鼠标点选 R1，再按Delete 键删除R1 区域。删除R1区域后，可用绘图工具板，重画R1。)
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5. 从Plots菜单中选择Histogram，屏幕上会出现一 Histogram 对话方框。点击 Select File 钮，再点击 Open来开启 NORM001 档案。
说明：直方图（Histogram）表明一个参数与细胞数量之间的关系，在图中，横坐标X轴为荧光或光散射强度的相对值，单位是道数（channel number），纵坐标Y轴则通常表示细胞出现的频率，即相对细胞数。
6. 点击 Parameter 钮来显示 NORM001 档案中所有的参数项，将参数项改成「FL2-H 256 Gamma-2」。从Gate输入栏中将 No Gate 改成G1= R1，点击 OK 便完成了一个以G1圈选的 FL2直方图，图形的 X 轴为橙黄色荧光强度，Y 轴为细胞频率，NORM001 档案为本组实验之阴性对照组，我们将以之来界定阴性与阳性之界限。
7. 从屏幕左列工具板中，选取 Histogram Marker 工具，然后在图的左缘处点击并拖曳至定点，一般而言是阴性信号的右缘。放开鼠标后即完成Marker 1(M1)。重复前述步骤以增画另一Marker，一般而言 M2 始自 M1 的右缘，终于图的右界。
8. FL2 直方图现在被区隔出两个区域，欲计算各区域中细胞的数据数据，可从 Stats 指令栏中选择 Histogram Stats。
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BD FACSCalibur流式细胞仪操作手册
