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胸科发补临床试验方案

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方案编号:NHCIP001-4

发补临床试验方案

产品名称:人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突变检测

试剂盒(半导体测序法)

包装规格:48测试/盒

临床试验类型: ■发补临床试验

方案版本号和日期:A/00 2017/10/30

承担临床试验的医疗机构(签章): 首都医科大学附属北京胸科医院 主要研究者姓名(签字): 联系电话:

统计学负责人(签名):

统计学负责单位(盖章):北京大学第一医院医学统计室

注册申请人(盖章):天津诺禾致源生物信息科技有限公司 注册申请人联系人:张双华 联系电话:15822579850/010-82837567

一、实验目的

根据《人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突变检测试剂盒(半导体测序法)》注册审评的发补要求,补充待考核试剂盒与已经充分联合药物临床评价的伴随诊断试剂作为对比试剂的比对研究临床试验,检验基因(突变)包括EGFR(T790M)、ALK融合。

二、待考核试剂盒和对比试剂盒的检测原理、方法:

待考核试剂盒基于半导体测序法,针对与非小细胞肺癌靶向治疗密切相关的基因(包括EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK和ROS1)的多个位点的特异靶序列进行多重PCR扩增,构建文库,混样后进行半导体测序。待考核试剂盒基于半导体测序法,在半导体芯片的微孔中固定DNA链,测序时依次加入A/C/G/T碱基,DNA聚合酶以固定的单链DNA为模板,按碱基互补原理,合成互补的DNA链,并释放氢离子,所释放出的H离子在穿过孔底部时能被检测到,然后通过对所释放H离子的检测,实时判读碱基。如果DNA 链含有连续碱基,则记录的电压信号加倍。如果碱基不匹配,则无氢离子释放,也就没有电压信号的变化。这种方法属于直接检测DNA的合成,因少了CCD扫描,荧光激发等环节,几秒钟就可检测合成插入的碱基,大大缩短了运行时间。运行结束后,利用生物信息学方法将测得序列与参考序列比对,通过数据分析判断靶序列是否发生突变或融合。

荧光原位杂交法(FISH法)试剂盒设计了两种探针分别标记ALK基因的两端,300 kb的3’端和442 kb的5’端分别标记为橘红色和绿色。在无ALK融合基因表达的肿瘤细胞中,橘红色和绿色重叠为黄色或者相互粘合(两个信号之间的间隔小于两个信号的直径);而在存在ALK融合基因表达的肿瘤细胞中,橘红色和绿色信号相互分离(间隔≥2个信号直径)。根据荧光信号差异从而判断检测样本中是否存在ALK融合。 三、试验设计 1、试验机构的选择

该验证试验计划在首都医科大学附属北京胸科医院进行。 2、参与人员及其职责

试验研究人员 张海青 车南颖 职务/职称 主任医师 副主任医师 所在单位科室 院病理科 首都医科大学附属北京胸科医院病理科 在试验研究中的职责 入组 试验方案、报告审核,样本入组 首都医科大学附属北京胸科医主要研究者,试验方案、报告审核,样本 1/8

刘子臣 李琨 苏丹 病理技师 病理技师 病理技师 首都医科大学附属北京胸科医院病理科 首都医科大学附属北京胸科医院病理科 首都医科大学附属北京胸科医院病理科 样本准备,试验操作,CRF表填写 样本准备,试验操作,CRF表填写 样本准备 3、试验样本 (1)样本来源

根据注册审评发补要求,试验样本为新入组回顾性样本。 (2)样本数量的要求

研究入组样本例数应符合每个基因阴、阳性都符合统计学的最小样本数的要求。 按照阳性符合率和阴性符合率的样本量计算公式:

Z?se(1?se)n?1-?/22?2Z?sp(1?sp)n?1-?/22?2Z1-α/2 表示标准正态分布1-α/2的分位数,通常取α=0.05,此时Z1-α/2 =1.96; 表示精确度,可以根据95%可信区间确定,通常不超过可信区间宽度的一半。

根据上述计算方法,需入组样本总例数约为100例。 入选标准:

1 ) 患者就诊时确认为晚期或转移性非小细胞肺癌;

2)临床剩余的石蜡包埋组织切片需大于8张,满足3-5um厚的要求; 3)2年以内的石蜡包埋组织切片样本;

4)基本信息包括完整的临床确诊资料、性别、年龄、采集日期等; 5)HE染色确认样本肿瘤细胞大于30%。 排除标准:

1)FFPE样本发生严重降解, 核酸弥散条带的中值在300 bp以下; 2)样本提取后 DNA含量低于550ng; RNA总量低于680ng; 剔除标准:

1)试验分析发现的异常值;

2)试验登记表信息记录不完整的样本; 3)各机构主要研究者所认定的任何其他原因。

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3、验证试验用待考核试剂盒及对比试剂盒 待考核试剂盒

名称 人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突变检测试剂盒(半导体测序法) 厂商 天津诺禾致源生物信息科技有限公司 规格 48测试/盒 对比试剂盒

名称 EGFR基因突变检测试剂盒(等位基因特异扩增荧光PCR法) cobas EGFR Mutation Test ALK基因重组检测试剂盒 (荧光原位杂交法) 厂商 Roche Diagnostics GmbH Abbott Molecular, Inc. 规格 24 测试 20 检测/盒 注册号 国食药监械(进)字2014第3403340号 国械注进 20143405183 对比试剂盒已经充分联合药物进行临床评价,其对应治疗药物信息如下:

已经充分联合药物临床评价的伴随诊断试剂 EGFR基因突变检测试剂盒(等位基因特异扩增荧光PCR法) cobas EGFR Mutation Test ALK基因重组检测试剂盒 (荧光原位杂交法) ALK 融合 克唑替尼 已在中国上市 EGFR T790M 奥希替尼 已在中国上市 基因 位点 对应的NSCLC治疗药物 药物上市状态 四、验证方案

根据《人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突变检测试剂盒(半导体测序法)》注册审评的发补要求,补充待考核试剂盒在临床样本检测中与已经充分联合药物临床评价的伴随诊断试剂作为对比试剂的比对研究临床试验。本临床试验样本来自首都医科大学附属北京胸科医院新入组的FFPE样本。按食药监局发补通知要求,所有样本患者来源符合相关药物上市说明书要求。新入组的FFPE样本均需进行待考核试剂盒的检测与对比试剂盒的检测。待考核试剂盒的检测结果将与对比试剂盒检测结果进行对比与统计分析,对不一致样本用对比试剂盒复测三次进行不一致分析。

1、试验流程及结果判读

对比试剂盒的流程及结果判读严格按照对比试剂盒说明书;待考核试剂盒的流程严格按照待考核试剂盒的说明书操作,结果判读依据癌症基因数据处理软件完成。 五、试验结果评价指标

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用待考核试剂盒检测的结果与对比试剂盒检测结果进行一致性对比,预计待考核试剂盒的阳性符合率大于95%,阴性符合率大于95%,即证明待考核试剂盒与已经充分联合药物临床评价的伴随诊断试剂盒临床评价具有一致性。 六、统计处理方法 1.研究设计

本临床试验采用待考核试剂盒检测结果与对比试剂盒检测结果进行同步盲法比较的试验设计类型。 2. 临床评价指标

? 阳性符合率,及95%置信区间; ? 阴性符合率,及95%置信区间; ? 总体符合率,及95%置信区间; ? Kappa值; 3. 统计分析方法 (1)一般原则

所有的统计检验均采用双侧检验。

定量指标的描述将计算均值、标准差、中位数、最小值、最大值,下四分位数(Q1),上四分位数(Q3),分类指标描述各类的例数及百分数。 (2)分析指标

? 人口学特征及基本描述

对纳入受试者的人口学信息(性别、年龄、病史等)进行描述。定量指标的描述将计算均值、标准差、中位数、最小值、最大值,下四分位数(Q1),上四分位数(Q3),分类指标描述各类的例数及百分数。

? 产品与对比试剂盒检测结果的一致性分析

根据试验试剂盒和对比试剂盒检测方法,对所有符合要求的试验数据采用2×2列联表整理,根据下表进行统计分析,并计算相应的评价质保、及总符合率:

考核试剂 阳性 阴性 合 计 对照试剂 阳性 a c a+c 阴性 b d b+d 合计 a+b c+d N=a+b+c+d 阳性符合率=a/(a+c)×100%

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胸科发补临床试验方案

方案编号:NHCIP001-4发补临床试验方案产品名称:人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突变检测试剂盒(半导体测序法)包装规格:48测试/盒临床试验类型:■发补临床试验方案版本号和日期:A/002017
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